Дальневосточный морской заповедник находится в заливе Петра Великого, входящего в бассейн Японского моря. Вся территория заповедной зоны относится к четырем районам – три из них принадлежат к Хасанскому округу, а последний – к Первомайскому округу во Владивостоке.